日本內閣緊急會議，準備接收臺灣，并制定作戰計劃，日本軍部按照天皇意旨，宣布海軍軍令,樺山資紀升任海軍大將。同時任命他為首任臺灣總督，并兼任臺灣方面軍務司令官。 日本公使照會，按照馬關條約，限期派員交割臺灣，眾臣商議后，推舉李鴻章之子李經方前去辦理交接事宜，李經方此時才大悟為何李鴻章要他辭官。 李經方從上海起錨前去簽約。丘逢甲向民眾呼吁既然朝廷無力保臺，那就由百姓自主保臺。丘逢甲對唐景崧的部署存在異議，提議讓劉永福鎮守臺北、基隆要地，但唐景崧確不以為然。樺山資紀接替伊東佑亨，并與能久親王商議進攻計劃。 日軍在澳底登陸，而唐景崧誤判形勢，認為是日軍小股兵力試探，沒有增援澳底守軍。李經方乘船至臺灣海面，連日徘徊，逗留不進，選擇日方提出的第二種方案：在船上指認臺灣，包括澎湖列島和附屬島嶼，就算完成交割。隨即在“臺灣交接文據”上代表清廷簽字，從此將臺灣割讓給日本！