收到日本的割地賠款方案，光緒皇帝命李鴻章賠款限一萬萬兩之內，遼東只能割鴨綠江一側；臺灣只能割澎湖列島。中日雙方的談判陷入僵局，伊藤博文提出最后通牒，限三日內簽約，否則進攻山海關，李鴻章一邊向北京請旨一邊暗通法、德、俄等國家，希望他們出面斡旋。王文韶接任北洋竟查出北洋庫里尚存余銀八百多萬兩.光緒皇帝得知后大怒。 伊藤博文對李鴻章 “只割澎湖不涉及臺灣”的提議，不予采納。養心殿內，眾大臣群情激昂，認為兵費不可賠，遼東臺灣不可讓，紛紛要求遷都再戰，而西太后則不肯遷都。 李鴻章跟伊藤博文就賠款的具體數額進行激烈的爭論，伊藤博文寸步不讓。最終李鴻章在最后的時限內終于簽署了《馬關條約》。劉銘傳收到李鴻章的書信后，決定速回臺灣。翁同和收到丘逢甲的血書，被臺民鄉紳誓死保衛臺灣的精神深深打動。北京都察院門前臺灣舉子汪春源與天下十八省舉子聯名保臺,全國十八省的舉子也紛紛聯名罷考，要求皇上拒約再戰。