Macross城在SDF-1上重建起來。它的居民們，包括Rick Hunter和Minmay，試著重新開始他們的生活。但是這個努力又破滅了。Gloval艦長就在準備對付逼近的天頂星艦隊時發現了怎樣將SDF-1轉換成機器人外形。人類擊退了敵人，但又一次面臨巨大的損毀的恢復工作。