數碼暴龍再次出現在現實世界，而且在日本各地都有！大輔聽到小賢住的地方有數碼暴龍出現，便決定單獨去接小賢。三頭龍獸出現在那里，大輔趕到后破壞黑暗塔并讓機甲龍獸去與三頭龍獸戰斗。然而三頭龍獸非常強大，機甲龍獸被打得毫無還手之力。這時，變年輕的加來出現在眾孩子面前，并拿出青龍獸身上的一顆數碼珠，放出神圣力量，大家都可以進化成完全體，并且機甲龍獸還進化成帝皇龍甲獸，終于將三頭龍獸打敗送回數碼世界。接著，帝皇龍甲獸又到了日本各地，在半小時內將日本的所有數碼暴龍都送回數碼世界。全世界的數碼大門都打開了，加來告訴大家只有D3暴龍機才能將大門打開，于是12個孩子將分別到6個地方，與全世界被選中的孩子一起將數碼暴龍送回去。