皇太后不顧年邁，親赴燕軍說項，為朱允炆求情，竟遭朱棣羞辱，燕軍節節取勝，直逼京城，朱允炆顧及百姓兵士性命，竟下令不再抵抗，此舉實際已將皇位拱手相讓，之后，分別留下絕筆信，希望朱棣促使百姓官兵性命，善待眾臣，和祖母、母親、妻子訣別，此時，宮中燃起大火，燕軍殺進城中，朱允炆貼身太監丁寧冒死闖入火中，救出昏迷不醒的朱允炆，流落到一寺院中安身。 建文4年，朱棣登基，自號明成祖，年號改為永樂，朱棣將已燒得不辨面目的焦尸當作朱允炆安葬，并厚葬皇太后皇后，舊朝文武百官中拒絕向新帝稱臣自殺者370人，棄官逃遁者460人，甘愿投降稱臣者24人，朱棣大怒，會費整頓朝綱，大開殺戒，濫殺無辜無數。 朱棣得知傳國玉璽丟失，懷疑朱允炆未死，令呂公公整治錦衣衛暗中查訪。