黑旗軍和五花部落的族人終于和解，士兵們大口喝酒大口吃肉，這時，黃飛鴻堅定地走過來，斬釘截鐵地告訴大家，自己要加入黑旗軍！戰役一觸即發，因為建立了炮臺，黑旗軍占領了優勢地帶，把日本人轟炸得落花流水，劉永福在緊急關頭把一項重大任務交給黃飛鴻去做，但是黃飛鴻還是無法走出陰影，自己最愛的女人都是日本間諜，又如何判斷誰是好人，誰是壞人？劉永福看見黃飛鴻如此怯懦，便聲嘶力竭地鼓勵他，日本人馬上就要登島了，如果黃飛鴻再猶豫不決，同胞們就要死傷無數！

于是，在劉永福的說服下，黃飛鴻開始帶領眾人練習功夫，強身健體。閑暇時刻，阿妹帶著黃飛鴻來欣賞鳶尾花，黃飛鴻不由得又回憶起了岑慧慧，心神不寧。阿妹似乎沒有察覺，繼續介紹著美麗的五色花，這也是五花部落名字的來源，還有一個美麗凄慘的愛情故事。黃飛鴻恍恍惚惚地聽著故事，心里總是無法忘記慧慧，只能有一搭沒一搭地回答阿妹的話。

另一邊，黃麒英在思念著兒子，十三姨躲在一邊看著黃麒英，心里也很不是滋味。第二天，十三姨獨自在海邊惆悵，她希望能在茫茫大海中找到許愿石，牙擦蘇不想讓十三姨繼續牽掛，便計上心來，安排了一出黃飛鴻Du博贏錢，又拋妻棄子的戲碼，希望十三姨能認識到黃飛鴻的“真面目”。十三姨根本不相信牙擦蘇的話，奪門而出，正好識破了牙擦蘇的計謀，她怒氣沖沖地與牙擦蘇大吵一架，不歡而散。

1895年，日軍對臺灣島大規模炮轟，戰況愈演愈烈，黑旗軍和五花部落的族民奮力抗爭，可日軍的炮彈把神樹炸傷了，劉永福擔心族民會找麻煩，趕緊命令屬下隱瞞消息。阿妹走到樹下，十分虔誠地跪下，每年春天，神樹都會開花，如果神樹不開花，就會有大災難了。

但是，神樹受傷的消息被傳開了，族民們認為阿妹是罪魁禍首，打算燒死她，黃飛鴻趕緊帶著士兵來救人。關鍵時刻，阿妹制止大家的沖突，她愿意主動承擔罪責，黃飛鴻挺身而出，他準備替阿妹去死！阿妹也表白心跡，說出了對黃飛鴻的愛意。于是，按照部落規矩，黃飛鴻要接受五花箭神的考驗。

阿妹舉起弓箭，準備射向黃飛鴻，如果黃飛鴻大難不死，那便是彼此的緣分。黃飛鴻閉上眼睛，坦然面對，阿妹忍痛射出了箭，三支箭射出后，黃飛鴻已經口吐鮮血，無法站立起來，但是，在族民的支持下，在阿妹的愛情鼓勵下，黃飛鴻毅然決然地站了起來，通過了考驗！

十三姨在大晚上來找牙擦蘇，希望他能幫助自己套取日本人的情報，可是，好不容易抓捕到的日本人都死了！十三姨大吃一驚，這些日本間諜早就被抓了，也沒有自殺的跡象，為何現在突然死亡了呢？原來，她們是被櫻花夫人殺死的，而櫻花夫人其實是個日本男人。

這天晚上，黑旗軍得知朝廷簽訂了馬關條約，大家義憤填膺，士兵們還在用生命戰斗，可朝廷竟然認輸了！這是多么喪權辱國的條約啊！劉永福大聲鼓勵士兵，只要黑旗軍的旗幟立在臺灣島，就會奮戰到底！大家決定跟隨黑旗軍戰爭到底！