約翰想著四年前的往事，獨自陷入了沉思。曾經事美國軍人的他，冒著生命危險，為國前往伊拉克駐兵，然而回國后，不僅沒有得到應有的重視，還因為他那變種人的身份，而遭到路人的謾罵。就在他向同伴訴苦時，突然間發生了一場爆炸，是變種人大戰就此展開。變故之后，變種人從此淪為被追捕的對象，約翰連僅有的尊嚴——自由都失去了。

克拉麗絲知道索尼婭改了自己的記憶后，心里一直耿耿于懷，她質問約翰到底心里是怎么想的，約翰回答得十分模棱兩可。克拉麗絲本來心里對約翰就有好感，她問約翰，之前救自己的時候，是利用她的能力，把她當作萬能開鎖器，還是真心有為她著想。約翰的回答再一次讓克拉麗絲傷透了心，約翰對克拉麗絲充滿愧疚，卻沒有一絲情意。克拉麗絲一怒之下，離開了變種人地下基地。

脈沖的叛變讓變種人組織十分在意，特勤局有能力讓他們產生內訌，這當中一定有什么秘密。里德在脈沖的手臂上紋了一個圖案，他認出了這個圖案在巴頓魯日的聯邦大樓中看見過。為了查明真相，他決定聯手和馬可斯一起去一趟巴頓魯日，找出特勤局讓變種人內訌的秘密。里德的兒子安德魯表示想跟著一起去，他的能力可以助馬可斯和爸爸一臂之力。三人結伴，坐上了一輛偽裝成運輸農產品的卡車，向巴頓魯日出發。

路上雖然遇到特勤局的臨時檢查，但三人合力，最后還是順利到達了聯邦大樓。他們成功潛入變種人對策負責人的辦公室，把變種人的檔案資料都拿到了手。然而，事情并未就此結束，特納鍥而不舍地追蹤他們，根據蛛絲馬跡，追到了巴頓魯日。三人帶著資料連忙逃跑，但在路上，特勤局火力全開，三人陷入了險境。

就在千鈞一發之際，勞拉突然施展了控制空氣的超能力，幫馬可斯三人的卡車擋走了全部攻擊。里德和兒子安然無恙地回到了凱特琳身邊，馬可斯也回到了洛娜身邊，美美地睡了一覺。

然而，真正的戰爭現在才開始。特勤局讓變種人叛變的真相尚未查清，克拉麗絲離開變種人組織后，去向不明。馬可斯在結束了一連串的逃忙和戰斗后，想著能平靜一番，卻接到了前女友、販毒集團首領卡門的電話。卡門要求馬可斯要還之前欠她的人情，她幫馬可斯救了磁鐵女，馬可斯現在要替她辦事，不然的話，卡門便把變種人組織的信息告訴特勤局。