被沈若寒自我犧牲而救下的楊明遠，因自責和害怕不敢向秦川承認自己的身份。但是秦川對黨的忠誠，還有價值觀感化了楊明遠，楊明遠決定振作起來，繼續投身于革命事業，拯救國家。

秦川帶著楊明遠博士在郊外逃跑時與地下黨碰頭，不料這時星野美和也追蹤至此，于是又是一場激烈的相互搏火。但是由于武器和人數上的劣勢，秦川為了讓楊明遠等人能順利逃脫，把敵軍注意力都引到自己身上，當他把槍里的子彈打完后，便以淡然自若的姿態棄械投降。

這時，葉琳琳委托顧明杰查梅機關的細菌武器實驗室所在地，也有了回復。葉琳琳按照地點，前往該處，打算為夏嵐母子偷青霉素解毒，當是為秦川幫上一點忙。在潛入藏有青霉素室，見日軍的細菌武器研發專家菊田博士在實驗室里面。葉琳琳要挾菊田給她拿出青霉素，而菊田就范后，趁葉琳琳不為意的時候，按響了警報，日軍聽見警報后，便往實驗室沖去。葉琳琳拿走青霉素，殺死了菊田博士之后逃跑。

星野美和見菊田博士被殺死，日軍的細菌戰可能受到影響，于是氣上心頭。秦川被星野美和捉到實驗室，星野美和為了氣秦川，故意在秦川面前打破青霉素，并威脅秦川，要他幫忙污染水源，然病菌擴散。秦川見青霉素被美和越扔越少，于是心生一計，假裝妥協，這時，秦川趁軍日為他松綁時，以敏捷的身手，抽起敵人腰間的刀，連帶殺死兩人。美和拔槍，與秦川在實驗室進行一場惡戰，但是最后以身手和智慧，還是秦川更勝一籌，于是毒婦星野美和如愿死在秦川手下。這時梅機關的手下聞聲趕來，也被秦川殺死。

秦川雖然逃脫，但是青霉素已毀，正當秦川絕望的時候，葉琳琳帶著一批青霉素，交給了秦川。葉琳琳向秦川坦露自己心跡，讓秦川好好愛家人，并祝福秦川，最后留下一封信給秦川，便不辭而別。

秦川帶著青霉素回到家里，但是青霉素的劑量只夠一個人使用。

兩天后，阿燦因受到適當的治療，回復健康，但是夏嵐為了阿燦，把青霉素的劑量都給了自己兒子，正危在旦夕。這時，傳來了日本投降的喜訊，在這段讓人喜悅的消息中，夏嵐釋然地離開這個世界。秦川悲喜交集，擁住身體還溫熱的妻子，在喪妻的悲傷中，迎接了新中國的美好篇章。（大結局）