吳正煥在白夜村慘案前的履歷一片空白。這是因為在那之前，他其實是財團(tuán)大老板池英根。經(jīng)過曹賢熙那樣的實驗，保持了比較年輕的狀態(tài)，假扮了吳正煥。

吳正煥要姜潤城干掉杜正宇，杜正宇卻反手放倒了姜潤城，跟一號打手一起擒住吳正煥，帶他上車離開。在車上吳正煥要杜正宇給自己吃藥，說是一種神經(jīng)鎮(zhèn)定劑。杜正宇卻告訴他，忍著。

孔一道和曹賢熙那孫旻虎做實驗，不管他怎么叫罵，還是給他增大劑量，結(jié)果卻造成孫旻虎死亡。孔一道懷疑杜正宇給的公式是假的，曹賢熙卻反說公式是真的。

杜正宇和一號打手把吳正煥帶到藥廠老頭那里，在吳正煥身上搜出白夜財團(tuán)出入證，還有那瓶神經(jīng)鎮(zhèn)定劑。這時候吳正煥手機(jī)響了，曹賢熙向他報告孫旻虎死亡。還說這樣一來，她的兒子還需要杜正宇的血清。吳正煥語氣慌張地說還有事，掛斷了電話。曹賢熙立刻判斷“閣下”可能出事了。

杜正宇發(fā)現(xiàn)吳正煥身上出現(xiàn)疤痕，判斷是實驗室使用的公式不完整，導(dǎo)致吳正煥不得不吃那種所謂的神經(jīng)鎮(zhèn)定劑。他逼問吳正煥這是什么藥。吳正煥說不吃藥的話，自己就會慢慢老死。

杰米被幾個士兵模樣的人抓走，蒙頭帶到秘密研究所的牢籠，見到了媽媽曹賢熙。曹賢熙給她注射針劑，杰米昏倒。

杜正宇收到了曹賢熙發(fā)來的杰米別綁架的圖片，曹賢熙想把杜正宇引到研究所，因為只有杜正宇的血清可以做實驗，他也是公式的一部分。

孔慧媛帶張志苑和尹碩弼來到藥廠老頭這里，見到了杜正宇他們。大家決定一起去秘密研究所。

接到杜正宇的信息，給了他白夜財團(tuán)相關(guān)的資料，還要要他去一個地方，那就是秘密研究所。李志旭只身前往。

杜正宇他們兵分三路。杜正宇和孔慧媛集一號打手帶著吳正煥來到秘密研究所外面，杜正宇那吳正煥的藥留在車上，帶吳正煥走進(jìn)研究所。

這時候張志苑把情況向黃炳哲和女部長報告，黃炳哲帶警察出發(fā)。

一號打手在秘密研究所外面的過道安放炸彈。杜正宇他們和吳正煥進(jìn)入研究所內(nèi)部，里面站著荷槍實彈的士兵，還有曹賢熙和孔一道。曹賢熙帶出杰米，要杜正宇交出血清。

杜正宇同意給血清。吳正煥這時又想吃藥，杜正宇卻說忘在車上了。曹賢熙也勸吳正煥忍一忍，吳正煥大發(fā)脾氣。孔慧媛乘人們都注意吳正煥的時候，按照杜正宇事前的吩咐，把一個U盤插入實驗室的電腦系統(tǒng)，讀取其中的數(shù)據(jù)。

而這時文在雄和尹碩弼一起，在另一個地方開始接收孔慧媛U盤發(fā)過來的數(shù)據(jù)。

按照杜正宇之前的設(shè)計，文在雄他們將刪除秘密研究所的全部服務(wù)器數(shù)據(jù)，然后他將引爆炸彈，摧毀實驗室。但刪除數(shù)據(jù)后到炸彈爆炸，只有五分鐘時間。

黃炳哲、女部長、張志苑等包圍了秘密研究所。李志旭也趕到了。警察處于待命狀態(tài)。

研究所內(nèi)，孔一道用杜正宇的血清進(jìn)行著實驗，制成針劑。吳正煥衰老的狀態(tài)則越來越明顯。

針劑制成了，吳正煥他們正高興，杜正宇卻說那是真的嗎？真的是可以讓人永生的藥物嗎？或者是用了會死的藥物，我也不知道。那個公式并沒有被證明過。

曹賢熙說自己青春還在就是證明，杜正宇卻擼起她的袖子，看到衰老的肌膚說，不過是時間快慢的問題，總有一天還是會老死的。

吳正煥也不能不懷疑了，曹賢熙忙讓孔一道去拿別的血清，跟杜正宇的做比較。杜正宇卻又提醒吳正煥，用藥的時間到了，不如用針劑直接測試一下。

吳正煥猶豫，曹賢熙卻想給他注射。這時候吳正煥卻不想當(dāng)實驗品了，急忙離開研究所去找藥，正好撞上黃炳哲他們。吳正煥不顧一切上車拿藥，卻發(fā)現(xiàn)藥瓶里沒有藥片。時間到了，他迅速衰朽成一個老人。

這時文在雄和尹碩弼刪除了研究所全部數(shù)據(jù)，炸彈倒計時啟動。

曹賢熙要把新針劑給自己注射，杜正宇這時急忙喊停，問她你對你做過的事沒有后悔過嗎？曹賢熙說為什么要后悔？杜正宇再問，即便是你的兒女做實驗品也是這樣嗎？曹賢熙瘋狂地說，是的。你就是為此而出生的，我的怪物。杜正宇聽后在痛苦中發(fā)病，曹賢熙欣喜地說這是實驗的副作用。

但她沒想到，發(fā)病后的杜正宇，爆發(fā)出讓她都害怕的超級能量。他體內(nèi)的另一種人格，或者說一直深藏，被杜正宇壓制住的那個怪物，終于占據(jù)了上風(fēng)，要?dú)⒐馑腥恕＞拖癞?dāng)年在白夜村那樣。

曹賢熙想讓士兵抓怪物，士兵的武器卻仿佛自己掉落在地上，杜正宇看似不動手，卻讓對面的士兵好像被人掐住了咽喉。曹賢熙想偷襲式地給怪物注射，卻根本靠近不了他。

怪物念叨著本劇開始時少年杜正宇不知道白晝還是黑夜的那些話，孔慧媛?lián)踉谒媲埃粯颖凰『韲怠Ｖ钡浇苊捉泻爸绺绮灰@樣，怪物才緩醒過來，體內(nèi)的杜正宇與怪物交戰(zhàn)著，周圍的電器在他們的作用下開始爆炸。另一個房間的孔一道也被電擊倒。

重新控制了身體的杜正宇，要其他人趕緊去救人，救被當(dāng)成實驗品的孩子。

孔慧媛救起孔一道，一號打手救出僅剩的兩個孩子，奔向研究所外面。杜正宇帶著杰米也向外跑。到了門口卻自己留下，對她說希望你不再痛苦能夠幸福，然后關(guān)上了門。杰米和孔慧媛叫他一起走，杜正宇卻頭也不回走回去。一號打手將杰米和孔慧媛拽走。

他們和其他人到了外面，黃炳哲、張志苑問杜正宇在哪兒？

實驗室內(nèi)，曹賢熙還想完成實驗，執(zhí)迷不悟，給自己注射了針劑。但那是針劑是有毒的，杜正宇告訴他，只有咱們倆消失了，悲劇才會停止。

計時到了，實驗室爆炸。一切的罪孽灰飛煙滅。

孔一道、文在雄受到法律懲罰，與白夜財團(tuán)相關(guān)的人也都落網(wǎng)。

杰米返回了美國，孔慧媛送她，心里卻還在疑惑，杜正宇和曹賢熙為什么在爆炸現(xiàn)場一點(diǎn)痕跡都沒留下。

偶然的機(jī)會，孔慧媛發(fā)現(xiàn)藥廠老頭丁順久開著一輛舊的救護(hù)車。她心中生疑，查看也研究所外的監(jiān)控，發(fā)現(xiàn)爆炸當(dāng)晚，這輛救護(hù)車出現(xiàn)在研究所外面。她又憑著救護(hù)車上的一張進(jìn)入高速路麗水入口的收費(fèi)收據(jù)，讓李志旭前往麗水那邊。

三個月后，孔慧媛升職隊長。李志旭來告訴她，查到了丁順久救護(hù)車的監(jiān)控，丁順久還上了去一座島上的船，但全程只有這老頭一個人。但有人說在島上見過杜正宇，一位里長說三更半夜有人去他家，要找島上的空房子，他描述的那人樣貌就是杜正宇，杜正宇身上還背著一個四肢不能動的女人。那女人對里長表示過想死。

李志旭當(dāng)時來到那幢房子，沒有看到人。孔慧媛猜想，那女人就是曹賢熙，杜正宇養(yǎng)著她這位媽媽，同時讓她承受生不如死的痛苦，作為懲罰。

又出案子了，孔慧媛帶張志苑、尹碩弼前往辦案，嫌犯當(dāng)街劫持了人質(zhì)，結(jié)果頭上方的路牌突然掉落，將嫌犯砸暈。孔慧媛這時忽然發(fā)現(xiàn)人群里一個背影很像杜正宇，她追過去，但那人已消失不見。當(dāng)孔慧媛失望離去，那人卻拿出一根杜正宇最喜歡的棒棒糖吃起來。他是杜正宇嗎？