所有事情的起因還要從2004年，孫晨被捕后說起。原本李瀾和杜朝陽計劃產(chǎn)品銷售后，化工廠就申請破產(chǎn)，逃避責(zé)任。可偏偏付吉亮接到一通威脅電話，打電話的是一家科技公司，他們對化工廠里的事一清二楚。因為孫晨掌握著某種分子式，該公司又急需孫晨協(xié)助研發(fā)藥物。故而威脅李瀾三人，還孫晨清白。

無奈之下，杜朝陽出面，對警方謊稱是他經(jīng)廠長的手，把錢借給孫晨，偷竊保險柜只是誤會。孫晨出獄后立刻被科技公司接走，該公司總裁也信守承諾，從國外進(jìn)口藥物為孫曉萌穩(wěn)定病情，并把孫曉萌送去福利院照顧。

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之后的一年里，孫晨都軟禁在秘密試驗室，沒日沒夜的工作，只盼著早日研發(fā)成功，早日接女兒回家。只是他研究的藥品并非公司所要求的，而是用于治療孫曉萌的特殊藥物。當(dāng)藥物研發(fā)成功，孫晨就與女兒約好一起離開綠藤市。到了約定日期，孫晨利用化學(xué)知識，炸毀試驗室，制造混亂出逃。

孫曉萌滿懷希望，等著父親來接自己。可偏偏孫晨開車駛過路口時，因后面有科技公司打手追趕，方向控制不穩(wěn)撞翻了垃圾桶。張海峰上班路上恰好撞見，立刻加大油門追了上去。快到火車道口時，后方車輛撞擊孫晨的后輪。孫晨車輛失控，被火車撞飛，張海峰下車想救人，卻已為時太晚。孫曉萌遠(yuǎn)遠(yuǎn)的看到了這一幕，在她幼小的心靈里，認(rèn)定是張海峰害死父親。仇恨的種子，從此埋在了心底。

一場誤會，讓孫曉萌產(chǎn)生了錯誤的念頭。為了不讓孫曉萌雙手沾染鮮血，趙彬彬做了所有臟活。最后，他投身江水之中，清洗身上的罪孽。為了讓孫曉萌忘卻仇恨，劉雨奇舍棄了生命。

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而所有的所有，不論張海峰的家庭慘劇，還是孫曉萌為父報仇，都只是劉雨奇進(jìn)行的一項記憶療傷實驗。每當(dāng)記憶陷入危機時，所有記憶就會重置，在新的人生中尋找解決困苦的方法。得知一切真相后，作為第一批志愿者，張海峰中止了實驗。他要回到2004年的現(xiàn)實中去，在一次次人生抉擇中，選擇最正確的那一項。

(全劇終)