在《暗黑者》第一季結束的時候，有許多秘密漸漸浮出水面----喜歡殺戮，沉湎于正義游戲的Darker竟然是羅飛當年的警校同窗袁志邦，他最終選擇用一場自殺式爆炸來了結自己的生命。在羅飛和Darker的角逐中，前刑警隊長落網，龐大的商業集團勢力重組，多年前令全市女孩恐懼的碎尸案真兇逐漸浮出水面……Darker對生父死亡真相的探尋，牽動了多方命運的變動，也成為他和羅飛斗爭的焦點！十二年前，是什么樣的真相，讓那個充滿正義感的警界奇才，變身成為冷酷的殺手？十二年后，是什么樣的因果，讓新一代的死亡宣判者，無法逃避自己宿命般的責任？他們，無一例外地踏上了各自的宿命之路……

袁志邦培養的接班人新一代Darker已經擁有了超人的能力，并迅速成長起來，他正伺機而動準備一場新的正義殺戮，而此時羅飛所領導的專案組卻是一盤散沙。

前刑警隊長韓灝，因為錯殺大佬鄧樺而成為警察追捕的對象，他在一家商場被發現了蹤跡，憑借敏捷的身手躲過了便衣的層層追捕，但最后卻落入鄧樺生前保鏢阿華的手中。警界的老領導丁局責怪追捕韓灝的隊長，未經匯報私自行動，他要求把這件案子交由專案組去辦理。梁音到醫院看望受重傷的熊原，從內心里她非常不希望專案組解散，梁音走后，熊原緩緩睜開了眼睛，原來他早已經醒了。曾日華因為整日無所事事，只好夜夜泡在網吧玩游戲，他對著電腦低吟著想要快回專案組。尹劍覺得是自己才放走了韓灝，心里十分自責，不想再當警察了，在丁局的鼓勵之下，尹劍將前往新的部門工作。

阿華毆打折磨韓灝，想讓他和自己合作一起對付Darker，但韓灝拒絕和這股惡勢力合作。羅飛突然接到薛天的短信，約他在天臺見面，羅飛懷疑新Darker就是富家子薛天，他將薛天帶回警局詢問，卻被薛天請來的女律師駁得啞口無言，只好放人。

羅飛和穆劍云在咖啡廳里喝咖啡，突然接到電話，薛天失蹤，那個所謂的律師身份也是假的。咖啡喝完，二人玩笑著由誰買單，穆劍云突然發現賬單上赫然放著一張死亡通知單，受刑人為南派三叔，罪行是挖坑不慎。兩人連忙前往南派三叔的住處，在路上，穆劍云通知了所有專案組的成員，通知單出現了，大家馬上響應起來，羅飛宣布專案組重新整合！

羅飛和穆劍云來到三叔的住處，三叔將二人放到客廳，就看起自己新寫的小說《老九門》，完全忘記了兩人的存在。羅飛將死亡通知單的事情告訴了三叔，可三叔認為這只是書迷的恐嚇而已，對此不屑一顧。出門之后，穆劍云分析，南派三叔精神可能真的有點問題，羅飛告訴穆劍云，其實這個死亡通知單就是惡作劇，是自己假造的，目的只是想了解一下南派三叔是不是真的有精神病而已。

專案組成員聚會，大家都覺得羅飛這次膽子太大了，丁局知道了非處置他不可。羅飛認為專案組的每個成員，都各有自己的特色，回到原來的工作崗位只會埋沒才能，只有在專案組才會讓每個人都閃光。得知Darker再次出現，丁局幫專案組人員找了一個新的辦公場所，竟在一艘大型航母的艙體內，里面各種設備一應俱全，緊跟潮流，羅飛非常慚愧，告訴丁局通知單是假的，丁局非常生氣，這時，真正的死亡通知單卻再次出現了……