龐憲生于官宦之家，父親是錦衣衛副都統。他自幼聰穎過人，是文武雙全，曾經參軍，后來進入太醫院修讀“醫官”（相等于現代的研究生），是太醫院的高材生，主修外傷骨科，因為做過軍醫，認為醫病如打仗，喜歡把三十六計融匯醫理當中。在瀕湖龐憲邂逅慕榕，對她一見鐘情，決意于太醫院畢業后，向慕榕提親。太醫院內，憲初看不起時珍，經常挑戰他，后來終于被時珍高超的醫藥技術收服，甘拜時珍為師。憲拜師后，方知慕榕是時珍之妻，頓感晴天霹靂。當時珍被嚴嵩所害，龐憲不惜冒著幫兇的罪名，追隨時珍逃離太醫院。龐憲一直追隨時珍到他完成《本草綱目》，在時珍逝世后，龐憲亦成為瀕湖一帶的名醫。